Mac Pro はハードディスクを増設していくと、共鳴を起こしてしまい、ブーンというこうもり音が出てきます。いろいろなネットコミュニティなどにも報告が寄せられている現象です。
残念ながら自分の Mac Pro にも同じ現象が発生しました。１台の時は全然大丈夫でした。２台目を入れたら、時々こうもり音が発生しました。この時点では、サイドパネルを外してみるとか、Mac Pro の設置場所を少し動かしてみることで、おおむね解決できました。
しかし３台目を入れてからは、こうもり音が発生する頻度は高まってしまい、小手先の策では解消できなくなりました。ちなみに３台のハードディスクは、ベイ２、ベイ３、ベイ４に入れています。